numpy.savetxt を使って複数の 配列それぞれを1列としてまとめて保存したい場合

要するに、以下のようなフォーマット

arr1[0] arr2[0] arr3[0]
arr1[1] arr2[1] arr3[1]
...         ...         ...
arr1[N] arr2[N] arr3[N]

np.savetxt(filename,np.c_[arr1,arr2,arr3])

とすればよい。