tex の図表番号の参照 (\ref) がずれたりおかしくなる場合、

\label{xxxx}
\end{}
というようにendの直前に書くとうまくいくらしい。
もう少し詳しく書くとcaptionの後に書くべきということっぽい。
\labelを読んだ時点で番号を決めるのでcaptionが存在しないと狂ってしまうようだ。